生化妊娠的原因很多，有的是单一因素导致，有的是多种因素导致，还有一部分是原因不明。这也和自然流产原因是一样的。
归结起来导致生化妊娠的原因可分为一下几类
1.遗传因素:这就是先天的问题，染色体异常，发生率约在50-60%，数目异常占86%，结构异常占6%，其它约8%。数目异常有三倍体，多倍体，X单倍体，21三体，47XXY,47XYY都可以存活。
染色体异常所致的流产可发生在怀孕的任何阶段，发生在孕8-15w最多。
2.生殖道解剖结构异常:占12-15%，多为晚期流产或早产。
3.内分泌因素:17-20%，
分为:黄体功能不全，多囊卵巢综合征，高泌乳素血症，糖尿病，甲状腺功能异常等。多囊卵巢综合征和黄体功能不全发生率高。基础的卵泡生成素高，或黄体生成素高，也可以发生复发性流产。
4.感染因素:与偶发流产有关
5.免疫因素:占50-60%
分为:自身免疫，同种免疫。
6.血栓前状态:又称易栓症
7.不明原因:现在专家也称为免疫因素
8.男方因素:精子，感染，内分泌等
9.环境因素:肥胖，营养缺乏，不良嗜好及环境污染等。